La chiesa si trova nella storica zona di Tor Pignattara, lungo l’antica via Labicana (l’attuale via Casilina). Tra il III e il IV secolo d.C. l’area era di proprietà di Elena, la madre dell’imperatore Costantino I, ed era nota come Ad Duas Lauros, una denominazione di origine incerta forse dovuta alla presenza di due allori, alberi simbolici della maestà dell’imperatore.
Prima che diventasse proprietà imperiale, nella zona sorgevano la necropoli degli Equites Singulares, la guardia personale dell’imperatore, e le catacombe dei Santi Marcellino e Pietro costruite durante la persecuzione di Diocleziano (284-305). Nel 330 circa, Costantino I vi fece edificare un mausoleo, oggi conosciuto come Mausoleo di Elena, con annessa una basilica circiforme dedicata ai Santi Marcellino e Pietro, sepolti nelle catacombe omonime.
Le gallerie scavate nelle catacombe compromisero forse la stabilità della grande basilica costantiniana che a partire dal basso medioevo andò lentamente in rovina e fu abbandonata. Riutilizzandone in parte le rovine, tra il 1632 ed il 1638, sotto papa Urbano VIII, venne eretta una nuova piccola chiesa dedicata ai due santi all’interno del Mausoleo, poi ampliata nel 1765 durante il pontificato di papa Clemente XIII.
All’esterno del Mausoleo, nel 1922, il capitolo lateranense fece costruire una nuova chiesa. Progettata dall’ingegnere Guglielmo Palombi, la chiesa è collegata con il Mausoleo di Elena e con le catacombe dei Santi Marcellino e Pietro, ai quali si accede dal cortile dell'oratorio accanto alla chiesa, attraversando un monumentale portale settecentesco.
All’esterno, un portico a tre arcate sostenuto da due colonne corinzie si apre fra due corpi laterali con quattro paraste corinzie. Sopra quest’ultimo, si trova una semplice facciata con una finestra balaustrata affiancata da due nicchie e sormontata da un timpano triangolare. L’interno, a pianta basilicale, è diviso in tre navate da due file di colonne doriche di travertino. La navata centrale è coperta con un soffitto a cassettoni e termina con un’abside semicircolare dove è collocata una pala d’altare del XVIII secolo raffigurante il Martirio dei Santi Marcellino e Pietro, olio su tela di ambito romano.
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