La prima raccolta di esemplari anatomici fu costituita alla fine dell’Ottocento dal prof. Ettore Marchiafava ed esposta presso alcuni locali dell’Ospedale S. Spirito.
La collezione fu trasferita negli anni ’30 nell'attuale sede del Policlinico Universitario. Andata quasi completamente distrutta durante il bombardamento di San Lorenzo (marzo 1944), iniziò ad essere ricostituita a partire dal 1950 sotto l’impulso di Antonio Ascenzi.
Da allora, la collezione museale è stata arricchita con la documentazione di malattie che andavano via via modificandosi o che hanno fatto un’inedita comparsa (come l’AIDS).
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