Dedicata a san Sebastiano e costruita sul luogo del martirio del santo, sul colle Palatino. Su questa chiesa insiste la diaconia di San Sebastiano al Palatino.
Secondo la tradizione, la chiesa fu costruita nel luogo del martirio di san Sebastiano. Questo avvenne nei pressi dell'Elagabalium, il tempio dedicato a Sol Invictus e poi a Giove, che custodiva diversi oggetti sacri, tra cui il Palladio di Atena, portato da Troia; per questo motivo la chiesa era anche nota come Santa Maria in Pallara.
Un primo edificio venne costruito nel X secolo, mentre la sistemazione attuale è dovuta alla ricostruzione del 1624, ad opera di papa Urbano VIII; durante questi lavori vennero preservati gli affreschi originali dell'abside, raffiguranti Cristo tra san Lorenzo e santo Stefano, san Sebastiano e san Zotico come diaconi, e sotto la Madonna e gli angeli. Divenne sede di un Baliato del Sovrano Ordine di Malta di patronato dei Barberini, famiglia di Urbano VIII, tutt'oggi esistente. L'attuale titolare è il Principe (e attore) Urbano Barberini
La chiesa è una rettoria dipendente dalla parrocchia di Santa Maria in Portico in Campitelli. Dal 2016 è officiata dalle Fraternità monastiche di Gerusalemme.
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